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バイオインフォマティクス推進センター事業(BIRD) 第8回研究開発成果報告会 知識発見への挑戦 〜バイオインフォマティクスの飛躍に向けて〜 要旨集  10-15
タンパク質化合物相互作用の網羅的予測手法とデータベースの開発
榊原 康文


[1] M. Yokota, N. Nagamine, Y. Sugawara, K. Popendorf, M. Uchida, T. Kitahashi, T.Komori, Y. Sakakibara : COPICAT: A Software System for Predicting Interactions Between Chemical Compounds and Proteins by Using Two-Layer Support Vector Machine, 20th International Conference on Genome Informatics (GIW 2009), Yokohama, (2009).
[2] K. Sato, Y. Saito, Y. Sakakibara. Gradient-based optimization of hyperparamers for base-pairing profile local alignment kernels. Genome Inform, 23, 128-138, (2009).
[3] H. Jo, K. Yugi, S. Ogawa, Y. Suzuki, Y. Sakakibara. Molecular basis of chemical chaperone effects of N-octyl-β-valienamine on human β-glucosidase in low/neutral pH conditions. J Proteomics Bioinform, 3 (4), 104-112, (2010).
[4] N. Nagamine, T. Shirakawa, Y. Minato, K. Torii, H. Kobayashi, M. Imoto, Y. Sakakibara. Integrating Statistical Predictions and Experimental Verifications for Enhancing Protein-Chemical Interaction Predictions in Virtual Screening. PLoS Computational Biology, 5 (6), e1000397, (2009).
[5] T. Kawamura, T. Fujimaki, N. Hamanaka, K. Torii, H. Kobayashi, Y. Takahashi, M. Igarashi, N. Kinoshita, Y. Nishimura, E. Tashiro and M. Imoto. Isolation and structure elucidation of a novel androgen antagonist, arabilin, produced by Streptomyces sp. MK756-CF1. J Antibiot, 63, 601-605, (2010).
[6] 原田皓子,小林大貴,中村優臣,井本正哉,榊原康文: インシリコ予測とインビトロ検証実験を用いたタンパク質化合物結合予測に基づく薬剤標的タンパク質の網羅的探索,日本ケミカルバイオロジー学会第5回年会,O-35(口頭発表),5月18,19日,(2010).