JST200303 : 平成13年度事業開始<br>千葉県　「ゲノム情報を基本とした次世代先端技術開発」 79-80

共同研究全般にわたるデータベース構築・管理

甲賀弘¹⁾, 村上雅利¹⁾, 川井誠¹⁾, 古賀久芳¹⁾, 古閑比佐志¹⁾

1) 千葉県産業振興センター

Abstract 1. マウス総合データベースの構築
ヒトKIAAと相同性のあるマウスmKIAA完全長cDNA配列を格納し、機能予測のための予測プログラムの結果を統合するLIMS(Laboratory Information System)を開発した。
2. 抗体評価情報管理サブシステムの構築
抗体を用いて生体内の遺伝子産物の機能解析をするために、mKIAAのcDNAの配列から抗原部位を選択するEditorプログラムを開発しLIMSに統合した。設計した抗原をもとにウサギに免疫して得た抗体を活用して、生体内のタンパク質の評価実験を行い、結果をWebシステムに集約した。
3. DNAマイクロアレイ情報管理サブシステムの構築
約2000個のmKIAAについてマイクロアレーに遺伝子を割り付けるマイクロアレー作成支援システムを作成した。また、主要臓器における発現強度データを正規化して比較する手法を研究した。Visual Mining Studioという統計パッケージで独自のソフトウェア部品を開発した。
4. InGaPデータベースの構築
遺伝子の配列から予測される情報と抗体評価実験から得られたタンパク質レベルの実験データを遺伝子ごとにカード上にまとめたものがInGaPデータベースを構築し、外部公開した。
5. パスウェイデータベースInCePの構築
mKIAA抗体を用いた免疫沈降法によりマウス内在性のタンパク質と相互作用するタンパク質を同定することができた。このデータと遺伝子や関連疾患に関する文献データをあわせて、パスウェイの形にして知識交換する相互接続型プラットホームを開発し、外部公開した。
6. パスウェイデータベースへのアレイ解析結果の反映
GEOなどの一般に公開されている発現データを用いて作成したパスウェイの確からしさを確認するプログラム(MAKOT)を用いた解析結果もInCePシステムで公開した。