 | 共同研究全般にわたるデータベース構築・管理
(フェーズI)
マウス総合データベースの基本設計
ハードウェアの仕様決定
ワークフロー管理システム構築
マウス総合データベースの構築
ハードウェアの導入
抗体評価情報管理サブシステムの構築
DNAマイクロアレイ情報管理サブシステムの構築
マウス総合データベースのプロトタイプの構築
(フェーズII)
抗体評価情報管理サブシステムの改良
DNAアレイ情報管理サブシステムの改良
マウス総合データベースの構築
InGaPデータベースの更新
パスウェイデータベースInCePの構築
InCePの更新
パスウェイデータベースへのアレイ解析結果の反映
外部公開データベースGEOからの有用アレイ解析データの効率的取得法の開発
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| | 村上 雅利1), 甲賀 弘1), 川井 誠1), 古賀 久芳1), 古閑 比佐志1) |
| | Abstract かずさDNA研究所が保有するヒト長鎖cDNAライブラリー(KIAA)の機能解析研究をすすめるために、モデル生物であるマウス長鎖cDNAライブラリーを構築し、遺伝子レベルの機能解析に加え、抗体を用いたタンパク質レベルの機能解析研究をIT的側面から支援することを目的として研究を行った。
遺伝子レベルの予測データをヒトとマウスを並列する形で取り込み、LIMS(Laboratory Information System)を構築し、以降研究の過程で産出されるデータを一元管理するようにした。
次に、これらのデータをもとに抗原部位を設計するEditorプログラムを統合した。この後の工程も抗体作成・評価のプロセスを管理するワークフローシステムに取り込み、複数担当者で分担する業務を並列して行えるようにした。
mKIAA遺伝子約2000個をプロットしたカスタムアレーを設計支援する仕組みを構築し、LIMSに統合した。さらには、発現データを解析するために正規化などの一連の統計手法を連続して扱うための解析部品をVisual Mining Studio(数理システム)上で開発した。
蓄積した研究成果を外部公開するためにInGaP/InCePを構築した。内部に蓄積したmKIAAに関する知識を遺伝子レベル-mRNAレベル-タンパク質レベルの情報を組織ごとなど階層化して検索できるようにした。加えて、免疫沈降法で得たタンパクータンパク相互作用のデータと文献などの既知の情報とあわせ、mKIAA機能解析の結果をパスウェイに表現して公開した。期待される疾患との関連性からもあわせて検索できるようにした。
ある状況下におけるパスウェイの妥当性について検証するために、MAKOT解析機能を考案した。NCBIが公開するGEO(Gene Expression Omnibus)などの時系列の遺伝子発現データを下に関連の妥当性を時系列にずらした相関についてアニメーション的に見せる仕組みである。
これらの結果、遺伝子機能解析研究のためのパイプラインが完成した。 |
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