 | マウス長鎖cDNAの取得・構造解析とそのための効率化技術の開発
マウス長鎖cDNAクローンの全塩基配列決定
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| | | | Abstract 本サブテーマの目的は、他のサブテーマに先行し最も基本的なリソースたるcDNAを効率的に取得し、その構造解析をバイオインフォマティクスのノウハウを生かし達成することにある。具体的には、ヒトKIAA遺伝子に相同性を有するマウス遺伝子(mKIAA)を取得するため、まず遺伝子ソースとなる各種cDNAライブラリーを作製した。引き続きライブラリーを展開して、個々のcDNAクローンの末端配列解析を網羅的に実施し、相同性検索の手法の一つであるblast searchを用いてmKIAA遺伝子を同定した。地域分研究開発(テーマ1-2)において当該cDNAクローン選び出し後、プラスミドDNAを調整しショットガン法にて全長配列解析を行なった。選択したクローンのプラスミドDNAは全長配列解析に用いるのみならず、cDNAマイクロアレイ作製の際のソースとしても保存・管理した。全長配列解析結果は再度コンピュータ解析に供し、その相同性・全長性などを確認し最終的には公共データベースに登録した。プロジェクト半ばにmKIAA遺伝子の取得が終了したことから、平成17年度には一旦このテーマを終了した。しかし、mKIAA以外の長鎖cDNAに研究の幅を広げることは、フェーズIIIのける事業家に有利との判断から、平成18年度には同様の作業を再開し、最終的には2679クローンの全長配列解析を行なった。新規でないものに関してはROUGEデータベースでの公開は行なわなかったことから、ROUGEデータベースにおいては2169クローンの公開となっている。 |
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